如何进行蛋白对接

1、功能说明

在蛋白功能研究或药物设计中，常常需要分析蛋白与小分子之间的相互作用关系，例如结合位置、结合方式以及潜在的结合能力。

MatwingsVenus™ 集成分子对接分析能力，可以根据用户提供的蛋白结构和小分子信息，自动完成对接计算，并输出可能的结合模式及相关分析结果。

用户无需配置复杂软件或参数，只需描述分析需求，即可完成对接过程。

2、案例展示

2.1、 基于 PDB ID 的蛋白–小分子对接与结合位点预测

2.1.1 、输入需求

搜索EGFR蛋白结构和吉非替尼的SMILES序列，用DiffDock在全蛋白范围内预测分子的结合位置和构象

温馨提示：

分子对接（Molecular Docking）属于高计算量分析任务，目前系统仅支持单次提交单个分析任务，且仅支持单蛋白、单小分子（配体）或单肽链进行分析。暂不支持多蛋白、多配体、多肽链同时提交或批量对接分析。

参考链接

  • 调用Uniprot和PDB获取蛋白质结构及序列

  • DiffDock参数预检

  • 手动提交蛋白对接预测任务

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  • 结果输出成功，生成的结果文件将自动保存入【我的云盘】，可在页面或云盘中进行下载。

  • 提供后续分析建议，可根据需要继续接下来的分析内容。

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