1、功能说明

输入蛋白骨架结构或 PDB ID，系统可基于 ProteinMPNN 设计新的氨基酸序列，帮助用户获得候选蛋白序列，并用于后续结构预测、稳定性评估和蛋白优化研究。

2 案例展示

2.1 基于 ProteinMPNN 的四螺旋束蛋白序列设计与稳定性验证

2.1.1 输入需求

 参考链接

 给定一个四螺旋束骨架结构（PDB: 1MBG），用ProteinMPNN重新设计氨基酸序列以提高热稳定性

  提交后将进行以下步骤：

• 查询PDB ID (1MBG)，并生成可视化结构图

• ProteinMPNN设计参数预检

• 回答“是”，提交序列设计任务

•   返回运行结果，并提供可下载fasta文件

2.1.2、结果验证

提供后续方案选择

要求分别执行稳定性验证与结构验证

1. AlphaFold2结构预测

• 预测结果可点击卡片“查看预测的3D结构”进行查看

• 预测结构pdb文件会自动保存到【我的云盘】，可在页面或云盘中下载文件

2. Rosetta ΔΔG 稳定性计算

• 运行过程中可能出现参数错误导致的工具预测失败，智能体将自动排查错误原因，调整评估方案，重新生成运行参数

2.1.3、项目报告

所有任务执行后，智能体将根据运行结果生成项目报告，供用户后续实验参考。